Официальной датой рождения "Амкара" считается 8 мая 1993 года.

Именно в этот день созданная в Открытом акционерном обществе "Минеральные удобрения" футбольная команда впервые вышла на поле – в матче розыгрыша Кубка Перми – и обыграла со счетом 6:1 команду Пермского высшего военного командного инженерного училища. Основу коллектива составляли игроки, работающие на самом предприятии.

Название новому коллективу придумал заводской физорг, у которого родилась мысль отобразить в одном слове два основных вида продукции "Минеральных удобрений": аммиак и карбамид – "Амкар".

Клубными цветами (красно-черный) команда обязана торговым партнёрам из Милана, которые на просьбу помочь молодой команде с формой, предложили форму "Милана", идея всем понравилась и "Амкар" стал красно-чёрным.

В 1994 году команда стала чемпионом Пермской области и получила статус профессионального клуба.

С мая 1995 года по август 2006 года клуб возглавлял Сергей Оборин.

В 1995 году команда стала второй в 6-й зоне третьей лиги и вышла во вторую лигу.

В 1996-1998 годы команда выступала во Втором дивизионе.

В 1996 году "Амкар" занял третье место в зоне "Центр" второй лиги, в 1997 году клуб стал в турнире вторым, а в 1998 году "Амкар", заняв первое место, получил право выступать в первом дивизионе.

С 1999 по 2003 годы команда достаточно успешно выступала в первом дивизионе, занимая в итоговой таблице место не ниже шестого. В 2003 году команда выиграла турнир.

С 2004 года выступает в премьер-лиге.

В 2004, 2005 и 2006 гг. команда заняла в премьер-лиге соответственно 11, 12 и 13 места, в 2007 году – 8 место.

С сентября 2006 года по ноябрь 2007 года клуб возглавлял Рашид Рахимов, с марта 2008 года – Миодраг Божович.

По итогам сезона 2008 года "Амкар", занял под руководством Божовича 4-е место в турнирной таблице, получил право играть в Лиге Европы, где в первом матче проиграл английскому "Фулхэму" со счётом 1:3; в ответной игре пермяки победили 1:0, по сумме двух игр дальше прошли англичане.

Трижды "Амкар" играл в полуфинале Кубка России. В сезоне 2001/02 клуб встречался с московским ЦСКА, которому уступил 0:1, в сезоне 2004/05 – с подмосковными "Химками", уступив по сумме двух встреч 0:2; 16 апреля 2008 года "Амкар" переиграл "Урал" из Екатеринбурга 1:0 и вышел в финал, где проиграл в серии пенальти ЦСКА.

Димитар Димитров, пришедший на смену Миодрагу Божовичу в декабре 2008 года, не смог продолжить успехи предшественников. За первые 5 туров Чемпионата 2009 года команда пропустила всего один мяч, но в дальнейшем регулярно допускала грубые ошибки в обороне.

В сентябре 2009 года после 20 тура чемпионата на пост главного тренера клуба вернулся Рашид Рахимов, перед которым была поставлена задача сохранения места команды в премьер-лиге, с которой он успешно справился.

По итогам чемпионата России-2009 "Амкар" занял 13-е место, набрав 33 очка в 30 матчах (8 побед, 9 ничьих и 13 поражений).

По итогам чемпионата России-2010 пермская команда сохранила место в премьер-лиге на следующий год, финишировав на 14-м месте в турнирной таблице. В заключительном туре подопечные Рашида Рахимова сумели отобрать очки у столичного ЦСКА, завершив встречу с армейцами в Перми со счетом 0:0.

21 декабря 2010 года стало известно, что принято решение о добровольном выходе ФК "Амкар" в первую лигу в связи со сложной финансовой ситуацией, сложившейся в Клубе.

В официальном заявлении, размещенном на сайте клуба, говорится, что "на сегодняшний день долги Клуба составляют 167 миллионов рублей, переговоры с потенциальными инвесторами результата не принесли".

Достижения ФК "Амкар":

Лучший результат в чемпионате России – 4 место в 2008 году.

Финалист Кубка России сезоне 2007/2008 годов.

Самая крупная победа в чемпионатах России – 8:1 над "Металлургом-Метизником" (Магнитогорск) в 1995 году.

Рекордсмен клуба по количеству сыгранных матчей – Алексей Попов (404 игры).

Лучший бомбардир в истории клуба – Константин Парамонов (188 мячей).